La estación de Santa Apolónia es una de las estaciones de tren más antiguas de Portugal, ya que fue inaugurada en 1865 en un edificio donde había un convento. Originalmente planeado como estación de ferrocarril y fluvial, es un importante punto de conexión para los viajeros que visitan la capital portuguesa.
Su fachada es de estilo neoclásico. La nave de la estación tiene 117 metros de largo, más de 24 metros de ancho y 13 metros de alto. Los materiales para su construcción fueron, sobre todo, mampostería de ladrillo, mampostería caliza, hierro forjado, madera de pino y vidrio. Infraestruturas de Portugal gestiona actualmente la estación.
La estación de Santa Apolónia fue punto de paso de millones de emigrantes que, en los años 60 y 70, llegaban y partían hacia Francia o Alemania en busca de una vida mejor. Así, en 1981, frente a la estación de tren, se inauguró el monumento al emigrante, una escultura en bronce de Dorita Castel-Branco.
Como estación de tren, Santa Apolónia perdió importancia después de la inauguración de la Gare do Oriente, en 1998, pero cientos de miles de personas siguen pasando por allí cada año. Desde 2007 también es la última estación de una de las líneas de metro de Lisboa, y se encuentra muy cerca de la terminal de cruceros.
Desde 2022, el hotel de cinco estrellas The Editory Riverside Santa Apolónia ocupa parte de la estación con un total de 126 habitaciones que aluden al tema del patrimonio ferroviario portugués.
