La estación de Santa Apolónia es una de las estaciones de tren más antiguas de Portugal, ya que fue inaugurada en 1865 en un edificio donde había un convento. Originalmente planeado como estación de ferrocarril y fluvial, es un importante punto de conexión para los viajeros que visitan la capital portuguesa.
Su fachada es de estilo neoclásico. La nave de la estación tiene 117 metros de largo, más de 24 metros de ancho y 13 metros de alto. Los materiales para su construcción fueron, sobre todo, mampostería de ladrillo, mampostería caliza, hierro forjado, madera de pino y vidrio. Infraestruturas de Portugal gestiona actualmente la estación.
Durante el Estado Novo, Santa Apolónia era frecuentada por diplomáticos, militares y figuras públicas, lo que reforzaba su importancia como puerta de entrada y salida de Lisboa. Al mismo tiempo, también fue punto de paso para millones de emigrantes en las décadas de los años 60 y 70, que partían en busca de mejores condiciones de vida en Francia y Alemania.
En 1981, frente a la estación, se inauguró el monumento al emigrante, una escultura en bronce de Dorita Castel-Branco.
Como estación de tren, Santa Apolónia perdió importancia después de la inauguración de la Gare do Oriente, en 1998, pero cientos de miles de personas siguen pasando por allí cada año. Desde 2007 también es la última estación de una de las líneas de metro de Lisboa, y se encuentra muy cerca de la terminal de cruceros.
A lo largo de los años, la estación ha servido de escenario para películas y series portuguesas e internacionales, debido a su aspecto clásico y a su privilegiada ubicación junto al Tajo.
Desde 2022, el hotel de cinco estrellas The Editory Riverside Santa Apolónia ocupa parte de la estación con un total de 126 habitaciones que aluden al tema del patrimonio ferroviario portugués.
